Los primeros pobladores de la costa de Oaxaca se remontan a mediados del periodo preclásico.

Estas culturas muestran evidencias de influencia Maya y Zapoteca y posteriormente de Mixtecos.

Cuando los españoles arribaron a las costas oaxaqueñas, esta región estaba bajo el control del Señor de Tututepec. Los nativos eran descendientes de los Chichimecas y hablaban el náhuatl. Estos fueron fácilmente subyugados y la población desciendió dramáticamente debido a las plagas y enfermedades traídas por los conquistadores.

En el siglo XIX se le conoce como “Punta Escondida” y es únicamente un poblado de pescadores con un puerto comercial desde donde se embarcan café y maderas preciosas.

Al desaparecer la actividad comercial, el lugar siguió siendo ocupado por los pescadores, hasta que en los años treinta empezó a integrarse como un verdadero pueblo. Fue entonces cuando el lugar tomó el nombre de Puerto Escondido, como hasta ahora se conoce.

En la década de los años sesenta, Puerto Escondido fue favorecido al quedar comunicado por carretera con Acapulco; pronto los turistas comenzaron a visitar el puerto, atraídos principalmente por la naturaleza del lugar y sobre todo por la tranquilidad de sus hermosas playas de fina y blanca arena, bañadas por las cistalinas aguas del Pacífico.

Con el tiempo los visitantes fueron más numerosos; acudían principalmente turistas extranjeros e incluso jóvenes intrépidos que desde la ciudad de Oaxaca empezaron a frecuentar el lugar a pesar de las malas condiciones de los caminos de la región.

Más tarde, surgieron los primeros hoteles y aparecieron, dispersas en el sitio, las típicas palapas, donde los pescadores ofrecían las más exquisitas especialidades del mar. Con todo esto, Puerto Escondido pronto empezó a conocerse como un verdadero paraíso natural de la costa oaxaqueña.

En 1982, al concluirse importantes tramos carreteros en la región, Puerto Escondido quedó comunicado con la capital del estado y con el resto de la Costa.

Se realizaron importantes obras como la construcción de un gran hotel, un moderno fraccionamiento, el mejoramiento de la imagen urbana en la zona céntrica y, lo más relevante, la construcción del aeropuerto nacional, inaugurado en 1985.

Puerto Escondido está considerado como el centro turístico más antiguo de la región, y actualmente es un punto de gran atracción turística, tanto a nivel nacional como internacional.